Get an element position relative to the top of the viewport

You can calculate it using

$('#element').offset().top - $(window).scrollTop()

Working example

function get(){
  $('#output').html($('#element').offset().top - $(window).scrollTop());
}

get();
$(window).scroll(get);
#element {
  width:100px;
  height:100px;
  background:red;
}

#output {
  position:fixed;
  background:#000;
  color:#fff;
  width:100%;
}
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.1/jquery.min.js"></script>
<div id="output"></div>
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<div id="element"></div>
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For those looking for a non-jquery solution:

let el = /* get your el */

let top = el.getBoundingClientRect().top + 
          el.ownerDocument.defaultView.pageYOffset